Fundado inicialmente como um projeto competitivo, não podemos falar do surgimento deste clube sem citar o que aconteceu antes dele, na escola oficial do Barcelona em São Paulo.
A FCBEscola foi a representante do Barça no Brasil e marcou uma época no futebol formativo a partir de 2013, quando abriu uma sede no Rio de Janeiro. Em 2014 surge a unidade na Barra Funda. Na época, Walter Junior foi designado para ser o coordenador e junto com um diretor técnico, o catalão Domènec Guasch pôde ajudar a selecionar e posteriormente liderar alguns privilegiados treinadores que por currículo, perfil e postura iniciaram suas trajetórias nesta conceituada escola de futebol.
Com o respaldo do FC BARCELONA e os ensinamentos trazidos por cada um dos diretores, toda a equipe técnica pôde aprender da fonte de um modelo de jogo e de uma forma de treinar que possui o selo do sucesso.
Após algumas mudanças administrativas internas na FCBEscola, Walter Junior é dispensado e idealiza um novo projeto onde ele e sua equipe poderiam colocar em prática tudo o que haviam aprendido em 4 anos e meio juntos, porém, dessa vez em um ambiente verdadeiramente competitivo e com uma atuação mais próxima da realidade brasileira, dentro e fora de campo.
Dessa forma, em 2018 nasce o União Esportiva Referência Brasil, que cerca de 2 anos depois passa a ser um clube empresa e receber o nome de Referência Futebol Clube.
O Referência segue crescendo no cenário competitivo, inicia sua participação em torneios importantes e começa também a chamar a atenção dos grandes clubes na formação de atletas.
Em 2020 o Referência FC começa a se estruturar de forma mais profissional com a chegada de um investidor e a formação de uma diretoria técnica-administrativa.
Em 2021 joga o Campeonato Paulista através de uma parceria com o SC Brasil e em 2022 se filia oficialmente à Federação Paulista de Futebol através da Licença Especial de Base participando pela primeira vez na história do maior campeonato de base do Brasil, o Campeonato Paulista, desta vez, defendendo seu próprio escudo.
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